Os procedimentos investigatórios podem ser acionados a partir de denúncia recebida de qualquer cidadão ou agente público (de forma anônima ou manifesta), ou por meio de deliberação interna da Comissão. Após o acolhimento da denúncia, a CE realiza um procedimento preliminar, que pode contar com a oitiva de testemunhas e da parte acusada, e define se o tema deve ser levado ao processo de apuração ética. Para ser aceita, a denúncia deve contar com, pelo menos: 

  • a descrição do ato que implicou a demanda;
  • indicação de autoria do desvio ético; 
  • apresentação de elementos de prova ou indicação de onde eles podem ser encontrados. 
Após o procedimento preliminar, no caso de a ação ser indicada para abertura de processo de apuração ética, serão chamadas a prestar depoimento a parte denunciante (caso esteja identificada), a parte acusada e testemunhas citadas ou não na denúncia, conforme entendimento da CE. 
 
Ao final da apuração, o processo poderá resultar em censura ética, ser encaminhado para instâncias cabíveis ou ser arquivado.  
 
Não participarão dos procedimentos de apuração: 
  • membros que sejam amigos ou inimigos das partes;
  • membros que sejam cônjuges ou ex-cônjuges das partes;
  • parentes em até 3º grau das partes. 
Nos processos que resultarem em censura ética ou em termo de ajustamento de conduta, o tema que provocou a decisão (e nunca as pessoas que o protagonizaram) serão tornados públicos na universidade, de forma profilática e educativa, para evitar que voltem a ocorrer nesta instituição. A publicização da censura tem caráter educativo e visa a sensibilizar a comunidade acadêmica para a questão. Saber quem praticou a ação censurada é irrelevante no âmbito acadêmico. Importante é a percepção de que ações similares não devem ser realizadas.